А откуда взялась логика построения материально-энергетической модели? Откуда взялись логика и законы взаимодействия элементов схемы? Была ли она изначально (напрашивается наличие пресловутого т. н. Бога, как провайдера "системной" логики), или образовалась сама собой в процессе "притирки" частиц материи - от малых величин (субатомный и атомный уровень) к системам больших размеров (межатомное и межмолекулярное взаимодействие и далее физ. тела)?

Введение в систему понятия "Бог" совершенно ничего не проясняет - на вопрос "кто создал Бога", "кто создал создателя Бога"... и так далее рекурсивно снова не будет ответа. А ответ типа "Бог был всегда" - отмазка для людей, которым не нужно познание и логика - т.е., для верующих.