Неясно, что за "ветки". Что значит "[ИГНОР ВЕТКИ]"? У комментариев будет "древовоидная" структура? Имхо старая была лучше, т.к. при нынешнем дизайне в древовидной будет легко запутаться и/или пропустить что-то.
Ветки - в смысле заглавной статьи и всех комментов к ней.
Древовидная структура заложена, но её не будет. Оффтопики буду выносить в отдельные темы ("ветки", threads, триды).

Еще непонятно, что значит "[ПОКАЗАТЬ ЛЕНТУ]" после каждого сообщения. Пока в каждом стоит одна и та же ссылка.
Для удобства - показывает всю текущую ленту (не статью с комментами, а список статей). Злоебучая терминология...

И имхо пункт "[ИГНОР АВТОРА]" под каждым сообщением лишний, ведь эта возможность и так уже есть в заголовке каждого сообщения.
Возможно. Что-то значит уберу.

1. Неплохо было бы, если бы под всеми комментами тем, кто залогинен, сразу выводилась форма для нового коммента (чтобы не было необходимости нажимать "Ответить").

Не уверен... Но может быть в режиме отображения единичного коммента сделаю.

2. Со стратовой страницы сейчас можно перейти только к последнему комментарию, а ко всей статье нельзя.

Нельзя. Это плюс, если статья - дура килограмм на 50-100, а такое бывало.
Но в последнем комментарии можно нажать "[ПОКАЗАТЬ СТАТЬЮ]".

Блин, хелпы писать придётся...